EI-SEV nació a raíz del I Congreso de Estudios Vascos, celebrado en Oñati (Gipuzkoa) en 1918. Desde entonces, los Congresos de Estudios Vascos han jugado un papel vertebrador en la vida de la Sociedad, a la vez que son una de sus grandes aportaciones al progreso cultural y científico vasco.

Hasta la Guerra Civil seis Congresos tuvieron lugar, la mayoría de ellos sobre temas monográficos. Durante las cuatro décadas de prohibición de actividades en la Vasconia peninsular se organizaron otros dos Congresos en Baiona y Biarritz. Por fin, a partir de 1983 se vienen celebrando con regularidad y en ellos se aborda de manera pluridisciplinar el análisis de los grandes retos a que se enfrenta la sociedad vasca.

Oñatin (Gipuzkoa) 1918an egindako Eusko Ikaskuntzaren I. Kongresuaren ondoren sortu zen EI-SEV. Harrezkero, Eusko Ikaskuntzaren Kongresuek eginkizun egituratzailea bete dute Elkartearen bizitzan, eta era berean EIk euskal kultura eta zientziaren aurrerapenari egindako ekarpen handietako bat dira.

Gerra Zibila piztu bitartean sei Kongresu egin ziren, gai monografikoei buruzkoak gehienak. Hego Euskal Herrian EIren jarduera debekatu zuten lau hamarkadetan beste bi Kongresu antolatu zituzten, Baionan eta Miarritzen. Azkenik, 1983tik aurrera erregulartasunez egiten ari diren Kongresuetan, euskal gizarteak aurre egin beharreko erronka handiak aztertzen dira, diziplina anitzeko ikuspegi batetik.